入道前太政大臣

治承3年（1179年）従五位上、養和元年（1181年）侍従、寿永2年（1183年）正五位下、文治元年（1185年）越前権介、左少将、同2年（1186年）備前介、同3年（1187年）従四位下、同5年（1189年）讃岐権介、建久元年（1190年）正四位下、同4年（1193年）左中将、同7年（1196年）蔵人頭と昇進。同9年（1198年）、従三位参議に就き公卿に列する。正治2年（1200年）兼越前権守、建仁元年（1201年）正三位、同2年（1202年）権中納言、同3年（1203年）従二位、右衛門督、左衛門督、元久3年（1206年）中納言、建永2年（1207年）正二位権大納言、承元5年（1211年）兼春宮大夫、建保6年（1218年）大納言となる。

源頼朝の姉妹・坊門姫とその夫一条能保の間にできた全子を妻としていたこと、また自身も頼朝が厚遇した平頼盛の曾孫であることから、鎌倉幕府とは親しく、承久元年（1219年）に3代将軍実朝が暗殺された後は、外孫にあたる藤原頼経を将軍後継者として下向させる運動の中心人物となった。同年右大将、右馬寮御監。同3年（1221年）、承久の乱の際には後鳥羽上皇によって幽閉されるが、事前に乱の情報を幕府に知らせ幕府の勝利に貢献した。

乱後は、幕府との結びつきを強め、内大臣（51歳）、貞応元年（1222年）に太政大臣、翌貞応2年（1223年）には従一位に昇進し（同年太政大臣辞任）、婿の九条道家とともに朝廷の実権を握った。また、関東申次に就任して幕府と朝廷との間の調整にも力を尽くした。道家の外孫である四条天皇が崩じると、公経の孫（嫡男実氏の娘）姞子を後嵯峨天皇の中宮とし、姞子所生の久仁親王（後の後深草天皇）を皇太子とした。以後、西園寺家から中宮を出す慣例の先駆となるとともに、持明院統（後深草天皇の系譜）が幕府と近い関係を持つきっかけとなった。

晩年は政務や人事の方針を巡って道家と不仲になったが、道家の後に摂関となった近衛兼経と道家の娘を縁組し、さらに道家と不和であり、公経が養育していた道家の次男の二条良実をその後の摂関に据えるなど朝廷人事を思いのままに操った。処世は卓越していたが、幕府に追従して保身と我欲の充足に汲々とした奸物と評されることが多く[1] 、その死にのぞんで平経高も「世の奸臣」と日記に記している。

なお、「西園寺」の家名はこの藤原公経が現在の鹿苑寺（金閣寺）の辺りに西園寺を建立したことによる。公経の後、西園寺家は鎌倉時代を通じて関東申次となった。